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Capilla de las Reliquias (a la derecha)
Según la tradición, fue obsequiado por el rey Carlos III de España.
El altar de las reliquias está construido en maderas muy finas y contiene urnas, relicarios y también valiosas imágenes de cera.
Tanto el reloj del frente, de origen inglés, y las reliquias de los santos Urbano, Víctor y Juan Apóstol en el altar del mismo nombre fueron embarcadas en 1777 desde España con destino a la Basílica.
En el piso vemos una lápida que recuerda el lugar de descanso de Martín Josef de Altolaguirre.
Sobre un costado, se encuentra la imagen del Señor del huerto de los Olivos, vestido con túnica de terciopelo rojo, realizado por un tallista español del siglo XIX.
Capilla de San Pedro de Alcántara
Esta capilla se encuentra frente a la anterior y en la misma se halla la imagen de talla completa, de San Pedro de Alcántara (segundo patrono de la iglesia) fue realizada por el español Alonso Cano.
Aquí fue sepultada la madre del Gral.Juan Galo Lavalle (Mercedes González de La Valle).
La capilla de oración
Algunos templos pueden tener una actividad diaria con poca asistencia de fieles, para la cual no sea necesario habilitar la totalidad del edificio.
Esta capilla de oración se encuentra a continuación de la de San Pedro de Alcántara.